卵巢巧克力囊肿，目前是以「腹腔镜囊肿切除」为主流疗法，可以有效缓解患者腹痛及经痛的症状。如果开完刀又复发的话，应该要选择再次开刀？或是长期追踪？这个问题一直困扰着患者，尤其是有生育计划的育龄患者。
2006年美国生殖不孕医学期刊三月份报导，意大利一位妇产科医师将门诊中，十年内四百多位卵巢巧克力囊肿的个案，分成两组，一组为首次开刀的患者，另一组为复发且再度手术的患者。透过问卷调查及门诊追踪的方式，来比较这两组患者在疾病复发、疼痛改善及生育状况，试图了解多次腹腔镜手术对患者是否会有不良的后遗症。
结果发现，首次开刀的患者追踪五年后，八成患者的经痛完全缓解，而两成的患者有巧克力囊肿复发的现象。复发且再度接受手术的患者，和只开一次刀的患者一样，有八成的治愈率及两成再复发率。
至于生育部份，首次开刀的患者有四成累计怀孕率，再度手术的患者仅有三成二的怀孕率，而后者之中，有一半患者必须透过试管婴儿才能怀孕。
值得一提的是，两侧卵巢巧克力囊肿切除和复发患者在开完刀后，一部份患者呈现卵巢功能衰退的现象。
由此可见，卵巢巧克力囊肿复发的患者，如单纯处理疼痛及切除病灶，选择再次开刀有不错的治愈率。倘若为生育考虑，则必须注意手术后，可能使卵巢功能衰退及骨盆腔粘黏，而必须靠试管婴儿才能怀孕，因此不可不审慎评估。
